El camí de la parròquia de Sant Pere Claver per aconseguir un temple propi va ser llarg i complex. La divisió parroquial del bisbat de Barcelona de 1945 establia quatre parròquies al Poble-sec, dues d’existents, Lourdes i Santa Madrona, i dues de noves: Sant Salvador d’Horta i Sant Pere Claver. D’aquesta manera, les barriades de barraques de la muntanya s’inclourien en la nova distribució. D’una banda, Sant Salvador d’Horta es faria càrrec de les barraques dels Tres Pins, Maricel i del mateix Poble-sec i, per l’altra, Sant Pere Claver tindria cura dels assentaments de la carretera, els passatges de Montjuïc i de la Vinyeta. Aquest fet determinaria les primeres dècades d’ambdues parròquies.
L’any 1948 el bisbat va atribuir la rectoria a la Companyia de Jesús. Més concretament, en la persona del pare Lluís Artigues. El religiós no va trigar a copsar la realitat social del territori i va decidir deixar en segon pla la tasca religiosa per tal de prioritzar la social. Mitjançant l’apostolat, va començar a apropar-se a la població poder entendre’n les necessitats bàsiques i els problemes inherents.
A partir d’aquí la parròquia va passar a acollir berenars, reunions amb infants, adolescents, mares… i es va començar a treballar per solucionar dues deficiències bàsiques: la sanitat i l’escolarització. Per aquest motiu, es va crear un dispensari i es va posar en marxa l’escola i alguns tallers.
Tan bon punt va començar a funcionar la nova parròquia, a la cantonada entre els carrers de Vila i Vilà amb Puig i Xoriguer, es va decidir aprofitar l’edifici d’una efímera escola religiosa que havia funcionat a principis de segle. Aquest espai havia estat cedit el 1915 per la família d’Adelaida Carrera al bisbat; però havien passat més de 25 anys i una guerra i l’edifici estava en condicions molt precàries.
Mentre que el dispensari evolucionaria en l’hospital, l’escola no va deixar de créixer. Una conjuntura en què les misses parroquials passarien a celebrar-se en una sala polivalent que serviria també per moltes altres tasques. Una multitud d’usos d’un mateix espai que fins i tot acabaria per generar conflictes. Per aquesta raó i finalment el març de 1965 es va decidir dedicar un espai exclusiu als oficis parroquials. Tot això, sempre en un solar que el bisbat havia cedit a la Companyia de Jesús.
En aquest context cal tenir en compte que tot just un any abans es va crear una cooperativa d’habitatges que edificaria fins a quatre blocs: al passeig de Montjuïc, a Vila i Vilà, a Lafont i a Palaudàries, 21. Precisament, en els baixos d’aquest darrer, el 17 de febrer de 1985, la parròquia ubicaria el seu propi temple, separat de la resta d’institucions nascudes sota la seva jurisdicció eclesiàstica.
Si bé de la inauguració de la primera església de Sant Pere Claver, ara fa 60 anys; de la seu actual, ara en fa 40.