El 1945, el bisbat de Barcelona crea la dues parròquies al Poble-sec: Sant Salvador d’Horta i Sant Pere Claver; però fins 1948 aquesta darrera, que comprèn la zona del barri entre el Paral·lel i Montjuïc, des del carrer Roser fins al port, no és atorgada a la Companyia de Jesús, amb el pare Lluís Artigues com a primer mossèn. Aquella part del Poble-sec i les properes –el port, el Raval i les barraques de Montjuïc– estaven força depauperades, i aviat el mossèn copsa que cal atendre les carències socials i humanes. De manera que, amb l’argument de les tasques catequètiques i amb la col·laboració de voluntaris, guanya la confiança creixent de les persones afectades: organitzen berenars per als nens, fan trobades i projeccions de cinema; i així aconsegueixen atraure feligresos i generen complicitat. Es crea l’escola i també s’hi fan activitats per a les mares.
La seu parroquial és a Vila i Vilà, 14; però fins el 1952 no s’hi celebra la primera missa, gràcies a ajudes del Congrés Eucarístic Internacional. Tot això ens explica que les prioritats d’aquesta singular demarcació no eren gaire similars a les de la resta, perquè la preocupació per les condicions de vida dels feligresos passa per davant de tot.
Així, el gener de 1950, havia entrat en servei el dispensari parroquial, que comptava amb dos metges i tres infermeres, tots voluntaris. A poc a poc, la tasca del dispensari creix i, als tres anys, ja s’hi han tractat més de 55.000 casos; i hi treballen 12 metges i 19 infermeres.
El juny de 1953 es posa la primera pedra del futur hospital, a la cantonada de Vila i Vilà amb Puig i Xoriguer; i el 23 de maig de 1954 s’inaugura l’Hospital Sant Pere Claver, orientat inicialment a la pediatria, a la dermatologia i a l’oncologia. Els dos metges especialistes son els doctors Mercadal Peyri i Umbert de Torrescasana. Amb els anys, el centre va creixent en cos assistencial, en especialitats i en població atesa i adquireix prestigi investigador i formatiu.
En accident de trànsit, el juliol de 1965, mor el pare Artigues. Aquest trist fet, lluny d’estroncar la trajectòria del centre, esperona els voluntaris a prosseguir la tasca amb més intensitat. I així és durant gairebé una dècada; quan, l’agost de 1974, el centre tanca perquè molt del material era obsolet. Fins que l’estiu següent, arribat un nou grup de religioses encapçalades per sor Antonia Larrea aconsegueix renovar els equipaments de manera que l’octubre se n’autoritza la reobertura.
Des de llavors, l’hospital no ha deixat mai de donar servei; tot i que en l’actualitat la seva funció no és hospitalària, sinó ambulatòria; a causa que la divisió hospitalària no el contemplava en el mapa de la ciutat. Des de 2004 el centre ha continuat donant serveis en proves de diverses especialitats mèdiques i, sobretot, en l’atenció a la salut mental. Així, l’octubre de 1991 s’inaugura el nou hospital, amb planta baixa i dos pisos, que el 9 de setembre de 2009 s’amplia fins a cinc plantes, tal com és avui dia. De la inauguració de l’Hospital de Sant Pere Claver, ara fa 70 anys.